ഭാരത ചരിത്രത്തെ കുറിച്ചും, പരാമര്ശിക്കുന്നവർ ചരിത്രകാരന്മാർ ഏറെ പ്രാധാന്യത്തോടെ പരാമർശിക്കുന്ന ഒരിക്കലും പുതുമ നഷ്ടപ്പെടാത്ത പഞ്ചാക്ഷരങ്ങളാണ് പുത്തൻചിറ. 5520 ഏക്കർ വിസ്‌തീർണമുള്ള ഈ പ്രദേശം മഹോദയപുരം,കുലശേഖരപുരം എന്ന പേരുകളിലെല്ലാം അറിയപ്പെടുന്ന കൊടുങ്ങല്ലൂരിന്റെ ഭാഗമായിരുന്നു. ആ കാലത്തു കൊടുങ്ങലൂർ അറിയപ്പെടുന്ന വാണിജ്യകേന്ദ്രവും തുറമുഖവും ആയിരുന്നു. നദി തീരങ്ങളിലാണ് പുരാതന സംസ്‌കാരങ്ങൾ രൂപംകൊണ്ടത്. പുത്തന്ചിറക്കും ഇ പൈതൃകത്തിന്റെ പങ്ക് അവകാശപ്പെടാം. ജലഗതാഗതം പ്രധാന യാത്ര മാര്ഗങ്ങള് ആയിരുന്നു ഇ കാലഘട്ടത്തിൽ. പുത്തൻചിറയുടെ എല്ലാ ഭാഗത്തും ജലഗതാഗതം ചെന്നെത്താൻ സാധിക്കുമെന്നത് വാണിജ്യപരമായി ഈ സ്ഥലത്തിന്റെ പ്രാധാന്യം വർധിപ്പിച്ചു. കരുവന്നൂർ പുഴയുടെ കൈവഴികളിൽ ഒന്ന് പുത്തന്ചിറയിലൂടെ ഒഴുകിയിരുന്നെന്നും AD1341 ലെ വെള്ളപ്പൊക്കത്തിൽ എക്കല്മണിടിഞ്ഞു നീരൊഴുക്ക് തടസപ്പെട്ടു പുഴ ഗതിമാറി ഒഴികിയതാണെന്നും ഒരു അഭിപ്രായം ഉണ്ട്. സമീപകാലത്തേ ചില ഖനനങ്ങൾ ഇത് ശെരിവെക്കുന്നുണ്ട്. ഈ വെള്ളപൊക്കത്തിലാണ് കൊടുങ്ങലൂർ തുറമുഖത്തിന്റെ ആഴം കുറഞ്ഞതും വൻകിട കപ്പലുകൾ അടുക്കാൻ കഴിയാതെ ആയതും.പിന്നീട് ഈ സൗകര്യങ്ങൾ കൊച്ചിക്ക് ലഭ്യമായി.
1909 ൽ ധന്യൻ ജോസഫ് വിതയത്തിലച്ചൻ വികാരിയായിരിക്കുമ്പോൾ പള്ളി പുനരുദ്ധാരണം ആരംഭിക്കുകയും 1915 ൽ ഇന്ന് കാണുന്ന മനോഹരമായ ദേവാലയം മൂന്ന് മേത്രന്മാരുടെ സാന്നിധ്യത്തിൽ കൂദാശ ചെയുകയും സൗകര്യാർത്ഥം പള്ളി സെമിത്തേരി പടിഞ്ഞാറു വശത്തുനിന്നും തെക്കുവശത്തേക്ക് മാറ്റി സ്ഥാപിക്കുകയും ചെയ്തു. പള്ളിയുടെ പ്രധാന അൾത്താരയിൽ സ്ഥാപിച്ചിരിക്കുന്ന പരിശുദ്ധ കന്യാമറിയത്തിന്റെ ഛായാചിത്രം അതിൽ എഴുതപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു സുറിയാനി ഭാഷയുടെ എസ്ത്രഞ്ജല ലിപിയുടെ പഴക്കമനുസരിച്ചു AD400 നോടടുത്തു വരച്ചതാണെന്നു അനുമാനിക്കുന്നു. 1940 മെയ് 30 നു സിൽവർ ജൂബിലി ആഘോഷിച്ച പള്ളി 1952 പുതിയ വൈദിക മന്ദിരം നിർമ്മിച്ചു. ഇവിടെ അന്ത്യ വിശ്രമംകൊള്ളുന്ന കൊടുങ്ങലൂർ അതിരൂപതയിലെ അഭിവന്യ പിതാക്കന്മാരുടെ സമരണക്കായി വൈദിക മന്ദിരം സമർപ്പിച്ചു.
അസ്തമയ സൂര്യന്റെ വൻപ്രഭയിൽ പ്രഭ പൂരിതമാകുന്ന മാതാവിന്റെ തിരുസ്വരൂപവും വിശാലമായ പാടശേഖരങ്ങളെ തഴുകിവരുന്ന കുളിർതെന്നലിനൊപ്പം പള്ളിമണികളുടെ നാദവും അറിയാതെ ആൽത്മാവിന്റെ അടിത്തട്ടിൽനിന്നു അനര്ഹറ്റുന്ന പ്രാർത്ഥന മംഗളം അൾത്താരയിൽ പ്രതിഷ്ഠിച്ചിരിക്കുന്ന മാതാവിന്റെ ഛായാചിത്രത്തിന്റെ പ്രാർത്ഥന തന്നെയാണ്.

"ഞങ്ങളുടെ രക്ഷകനായ ദൈവത്തിന്റെ അമ്മയായ കന്യകാമറിയത്തിന്റെ പ്രാർത്ഥന എല്ലായ്‌പ്പോഴും രാവുംപകലും ഞങ്ങൾക്ക് കോട്ടയായിരിക്കണമേ"